肛瘘是由于肛周围脓肿而导致，因此只要不形成肛周围脓肿就不会有肛瘘的形成。要特别注意的是，一旦发现肛周围有发炎迹象，就应及时是用抗生素，或者进行抗炎的治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多．手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免瘘的复发。
肛瘘是一种常见的肛肠疾病，而且肛瘘在严重时就会出现流脓、搔痒、疼痛、排便不畅等症状。如果不治疗肛瘘，有的就会变成半马蹄瘘或全马蹄瘘，也就是肛门口周围一圈全是感染性管道，导致小病变大病。而且长期肛瘘的反复炎症刺激会有恶变可能。
如果不治疗，病情会加重，影响正常生活，建议到当地正规的医院检查治疗，注意保持好局部卫生，避免过紧内裤摩擦，按时坐浴和涂药，尽量不吃辛辣和肉类食品，以免便秘后加重病情。多喝菜汤，多吃水果，有助于患处康复。
肛瘘时间久了肛门周围分泌脓水，脓水污染内裤，易引起皮炎湿疹，肛瘘形成后在肛门周围形成肿块，长时间引起疼痛，由于多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而形成多发性、复杂性肛瘘。
预防肛瘘首先养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。