巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，性交疼痛，白带增多、色黄或是有异味有的时候也可出现白带夹有血丝的情况。手术治疗，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题。
卵巢巧克力囊肿症状主要是小腹不适，小腹疼痛，有一个坚实而无痛的肿快；白带异常，色黄异味；月经失常；有时性生活会疼痛；由于会影响卵巢分泌的激素，导致激素的含量变化，导致女性毛体增多以及引导不规则的流血!还有很多换则得了卵巢巧克力囊肿的症状是有尿频和排尿困难，有频繁出血的现象，如果是继续恶化的就会更加危险。但也有少数人无任何症状表现。
卵巢巧克力囊肿的常见症状，性生活痛、这是卵巢巧克力囊肿最明显的症状，子宫直肠窝阴道后穹隆，宫骶韧带等部位的子宫内膜异位症等均可发生性生活痛，而且常于月经前较为明显；白带异常；痛经；即使没有避孕也不会出现怀孕的情况。
克力囊肿引起管腔闭塞、囊肿或粘连，均会妨碍精子、卵子或受精卵的运行，致使受精卵到达宫腔产生障碍而发生宫外孕。宫外孕时引起的输卵管破裂大出血，可危及生命。巧克力囊肿生长到一定阶段，就会引起输卵管粘连、堵塞，破坏输卵管的正常生理功能，从而导致继发不孕症。适当多吃一些优质蛋白质、B族维生素、叶酸、铁、钙等营养物质，如鸡蛋、猪肝、牛奶、豆类及其制品、新鲜蔬菜、蘑菇、木耳、海带、紫菜、鱼类等。