巧克力囊肿是不能自愈的，所以得了巧克力囊肿一定要尽快的去当地正规的三甲医院进行医治，一般是通过手术和药物医治的，平时一定要注意饮食清淡，不要吃过于清淡的食物，平时要注意好的睡眠。
初期巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种表现。巧克力囊肿在不采取任何治疗措施的情况下可能不会自行恢复。有一种极为特殊的情况，即怀孕后，在孕期月经不会来潮，这些异位的子宫内膜就不会出血，也不会生长，则有可能慢慢萎缩，从而使得巧克力囊肿自行恢复。而除此之外，巧克力囊肿可能不会自愈。
卵巢巧克力囊肿不能自愈。现在有巧克力囊肿的情况，不能治疗，如果现在囊肿比较小，可以服用药物进行治疗。是子宫内膜异位症的，就是进行性的痛经，可以药物或者手术治疗的。
巧克力囊肿的复发几率还是非常高的。在临床上，如果巧克力囊肿的病人术后没有给予相应的干预，绝大多数都会出现复发的情况。主要是因为巧克力囊肿由具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢，才引起的这种囊肿，手术很难把这种活性细胞完全根除掉，所以就会复发。
巧克力囊肿是可以进行治疗的。巧克力囊肿可以配合中药来进行内分泌的调理，达到活血化瘀的效果。平时要注意保持清淡饮食为主，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，注意戒烟戒酒。也可以使用手术进行治疗。
只会越来越严重。可能还会容易造成卵巢、子宫病变。可以用一些药物进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律。