引起阴茎肉粒的原因有可能是生殖器不洁或包茎引起的珍珠疹，阴茎珍珠疹，男性龟头缘，为同色或白色，均匀排列的小颗粒丘疹，无炎症，无任何自觉不适。可以用现在的物理科学技术治疗，对人体没有伤害，不会影响以后的生活、家庭等方面的问题，治疗后可以结合中药的调节。
由于龟头的慢性炎症引起的，和包皮过长，包茎有一定的关系。青春发育后的男性，是完全正常的现象，不需治疗，不必恐慌，可以龟头涂抹一些抗感染的药膏对症治疗缓解症状。如果存在包皮过长尽快做包皮环切手术。
阴茎肉粒可能是尖锐湿疣，尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒感染引起的好发于生殖器或周边的性传播疾病。个体小可用物理疗法治疗，而体表尚有少量疣体残存时，可再用外用药物治疗，也可系统治疗。
龟头肉粒多见于包皮过长的人，是由于包皮内尿垢的刺激而引起的。若包皮不长，在有病菌感染时，也可出现阴茎瘤疹，多在冠状沟边缘聚集突起；有的人由于卫生习惯不良，可能出现过敏现象或服用过敏性药物而使龟头出现肉粒。
龟头有肉粒，考虑是包皮龟头炎引起的，也不排除是尖锐湿疣，前者是真菌细菌感染所致，后者是人乳头状病毒感染所致，都和不洁的性生活交叉感染有关。真菌感染采取消炎抗菌的药物治疗，尖锐湿疣可以采取激光冷冻处理掉，然后结合抗病毒药物治疗。注意卫生勤换内衣裤勤洗澡，不要过不洁的性生活，尽量采取避孕套避免交叉感染的风险，不要穿太粗糙的内裤。
