卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位，体积，大小，生长速度，是否保留生育功能以及患者的主观愿望等因素而定。
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织；输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。如果是恶性囊肿，多数患者就诊时多已达晚期，因此要尽一切可能切除原发囊肿及所能见到的盆、腹腔转移灶，通过放疗、化疗来控制病情的发展。
患者在卵巢囊肿手术以后，首先要注意多休息，不能太过劳累，这样才能使卵巢快速的恢复机能。也要注意选择一些有营养的食物来吃，如蛋类、奶类和瘦肉类的食物，这些食物比较有营养，能够促进卵巢囊肿局部的肌肉组织尽快恢复。也可以选择一些蔬菜类食物，最好选择绿叶蔬菜，如油麦菜、菠菜等，促进身体激素水平分泌正常的作用。
卵巢肿瘤是由原体腔上皮细胞发育而成的，它具有向不同类型的苗勒上皮细胞分化的潜力。在输卵管上皮细胞中分化为浆液性肿瘤，在宫颈粘膜上分化为粘液性肿瘤，并在子宫内分化为内膜样肿瘤。卵巢上皮肿瘤有良性、交界、恶性三种类型。交界性肿瘤是一种低水平的恶性潜伏性肿瘤，其上皮细胞增殖、细胞分层增多、核异型和核分裂象增多，且多为间质浸润。
一般情况下，卵巢囊肿可以通过活检来确认囊肿是否为良性，具体内容如下：
卵巢囊肿是良性还是恶性，通常要到医院做妇科肿瘤标记，如果是良性的，那就是有一定的几率。正常情况下，有恶性的可能性，比如血液ca125升高，或者是子宫内的巧克力囊肿，属于良性的。因此，要做好术前做一次简单的组织学分析，确定卵巢囊肿的具体情况，做简单的病理检查是不准确的。
卵巢囊肿的治疗方法主要是手术治疗。必要时需要配合化疗药物进行治疗。
如果卵巢囊肿为良性，有生殖需求，可以采取手术摘除，尽量保存正常的卵巢。若无生殖需求，则需将一侧或两侧的输卵管及卵巢摘除。卵巢囊肿为恶性肿瘤，应尽量将原发囊肿和转移灶进行切除，术后应在腹腔中放置导管，并通过腹腔内注入化疗药物来进行预防。
手术后，患者应该注意休息，不要过度劳累，以免撕裂伤口。
