要抗病毒治疗。如果肝功正常，但是彩超提示肝硬化，也需要及时的抗病毒治疗。小三阳的治疗，也就是表面抗原转阴，还没有药物能够把表面抗原转阴。生活上要注意休息，不要熬夜不要饮酒。
病情严重的小三阳患者，治疗时首先要服用保肝药物；其次，做好基本治疗，如注意休息、清淡饮食；第三，要针对病因进行治疗；小三阳患者病情相对稳定，不发展到肝硬化或肝肿瘤者，只需定期检查，长期观察。小三阳是指慢性乙型肝炎患者或乙肝病毒携带者体内乙肝病毒的免疫学指标:即乙肝表面抗原（HBsAg）、乙肝e抗体（HBeAb）、乙肝核心抗体（抗HBC）三项阳性。
乙肝小三阳的患者一般免疫力比较弱，还伴随有不同程度的肝损伤，得肝癌的几率比较高，而灵芝具有增强人体免疫能力、保肝护肝、抗肿瘤的功效，在乙肝小三阳的保肝治疗上是有一定成效的，但是乙肝小三阳治疗的关键是清除乙肝病毒，而灵芝并没有抗病毒的能力，所以乙肝小三阳患者不能完全于灵芝来治疗乙肝小三阳，只可以用于辅助治疗。
尽管小三阳乙肝炎治疗有难度，但是如果选对正规的肝病医院，采用正确有效的治疗方法，再结合科学的日常调理，那么，肝病康复还是有希望的。病人在治疗的时候要选择正规医院，同时要选择科学规范的治疗方法，避免治疗误区，传统的乙肝治疗方法只能抑制病毒的复制，并不能有效的清除肝细胞核心内部的病毒。
说明乙肝已趋向恢复，属于慢性携带者，传染性弱，长时间持续此种态可转变为肝癌。因此还需要了解肝功能、HBV-DNA定量、肝脏B超的结果，如果这些项目结果正常则不需要治疗，要定期复查。
简单的乙肝病毒可以暂时治疗，但是如果发生肝炎，需要及时治疗。乙肝病毒发生后，如果伴有肝功能损害，就意味着乙肝的发生，及时进行药物治疗，可以促进肝功能恢复，达到抑制病毒的效果。