传染性软疣可通过手术治疗、物理治疗等方法控制住。
比如手术治疗就是用钳子夹钳或外科手术去除疣体，但要考虑是否存在感染的危险。进行物理治疗，就可通过冷冻、激光、电凝、微波等治疗方法，主要用于治疗的疣比较集中，或数量较多的情况，治疗期间注意避免抓挠、挤压患处。
传染性软疣一直不治疗可能会越来越严重，还可能造成传染。
传染性软疣不治疗，可能会导致体积增大、影响美观，同时还可能会交叉感染。
患者需要积极就医检查治疗，这种疾病有一定的传染性，如果治疗不及时可能会导致传染性软疣传染给其他人，特别是性伴侣，患者可以在医生指导下使用抗病毒类药物治疗，避免情况加重。
治疗方法是用小血管钳夹住疣体后挤出白色内容物，然后压迫止血或者用冷冻疗法或激光疗法去除疣体；平时要注意卫生，勤剪指甲，避免搔抓皮肤，不去公共浴池洗澡或游泳，不与他人共用毛巾、衣物等。
在治疗的时候主要是采用物理治疗，比如局部的刮除或者用液态氮冷冻，人工挤压等。临床上最常用的就是在无菌条件下，用有齿镊或者止血钳将软疣夹破，把里边的软疣小体挤出来，然后外用碘酊消毒预防细菌感染。
传染性软疣是可根治的。
传染性软疣的治疗方法有手术，激光，冷冻，电灼等、药物和其他途径可根治，提示患者应根据实际情况选择特定治疗方案。部分患者甚至可以自愈，通常在半年至九个月后可自行消退，还有坚持3~4年的。它是由自身抗体的生成来决定的，和自身抗体出现的迟早，抗体生成越早，皮损消退越早。
传染性软疣完全消失才算痊愈。
传染性软疣病毒会导致传染性软疣。这种疾病在儿童时期，主要是间接接触，而在成年人中则是因为性接触。性活跃、免疫功能低下的人更容易得这种疾病。如果在平时的护理和治疗中，传染性软疣全部消失，没有再出现，则说明疾病已经完全痊愈。