病毒疣通常可以通过药物治疗、物理治疗等方法治疗。
如果确诊为病毒疣，病人可以在医生的指导下服用抗病毒药物、免疫调节药物，同时可以涂抹咪喹莫特、氟尿嘧啶等药物，还可以采用物理治疗，如液氮冷冻、激光烧灼等。
在治疗过程中，病人要注意日常护理，切忌抓挠患处，不要烫洗皮肤，建议饮食以清淡为主。
伤口是很容易感染细菌的，要是身上有伤口，尖锐湿疣的乳头瘤就有可能通过伤口进去体内，等乳头瘤慢慢的在体内繁殖到一定的数量，那时候就开始发病了。配偶患病后要禁止性生活：如果配偶仅进行了物理，虽然外阴部可见地消失了。
病毒疣治疗以消除皮损抗病毒或者是提高免疫力为主。物理治疗有CO2激光、液氮冷冻、电灼、微波等，但很难完全消除皮下病毒，复发率较高，费用相对也高。内外用于或者是中药汤药治疗，效果也不明确，作为辅助手段的治疗方法还是可以的。
病毒疣一般指疣，一般是通过外用药物和物理疗法来进行治疗。
外用药一般是针对大面积的皮疹或者是难以进行物理治疗的，具体的用药和方法也会有所不同。维A酸软膏主要用于治疗扁平疣，对顽固性跖疣，平阳霉素、5-氟尿嘧啶注射液均能引起疣体萎缩、脱落。对于皮疹数量较小的患者，一般采用冷冻、电灼、刮除、激光等物理治疗。
治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。