治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
病毒疣这个一般会感染人类的皮肤和表层黏膜。有高度的特异性，生长在生殖器官附近皮肤和黏膜上的人类寻常疣、尖锐湿疣以及生长在黏膜上的乳头状瘤。病毒疣一般只能对症治疗，激光冷冻治疗即可，主要是要提高免疫力，因为这个是病毒感染，只有靠免疫力将病毒打败才是最根本的方法。
病毒疣是属于一种病毒感染，长相很像鸡眼和疙瘩状，粗粗的硬块，所以常被患者误以为鸡眼而延误治疗，是一颗颗地角化硬块，肉眼下可见一些黑色的小点位于此硬块中，这些小黑点都是皮内出血点。由此点可以跟鸡眼做一个分辨。
通常病毒疣可以根治。
就寻常疣而言，可以用冰冻、雷射、电离子来进行。出现大范围的皮肤炎症时，可以给予免疫调节剂，例如：干扰素、卡介菌多糖核酸注射液等，还可以服用转移因子胶囊。还有就是传染性软疣，通常只要进行有效的刮疣就可以了，一般可达到较好的治疗效果。
病毒疣的治疗首先要看病毒疣长在什么部位，疣体的大小和多少来制定治疗方案。如果病毒疣主要长在面部，手背部疣体扁平，那就叫扁平疣，如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物口服，注射的药物，还可以用物理的去除的方法如冷冻治疗，激光，微波治疗。
病毒疣一般指尖锐湿疣。药物治疗、激光治疗等方式治疗尖锐湿疣效果好。
尖锐湿疣是由人类乳头瘤病毒6、10、11型等引起的生殖器疣，如果出现这种情况，可以按医嘱服用阿昔洛韦片、更昔洛韦片等抗病毒药物进行治疗。也可以利用激光的高热能量直接作用于疣体，将其清除，达到治疗目的。
此外，应该注意患处清洁，避免感染。