人乳头瘤病毒感染通常可以采取物理疗法和药物治疗。
以皮肤光滑为特征，为寻常疣。这种病毒主要侵犯人类乳头瘤病毒感染所致的皮肤粘膜病变，足跖部位寻常疣叫跖疣；出现于生殖器部位者称尖锐湿疣。一般认为，对于慢性病毒性和非特异感染所致的疾病应进行全身或局部综合疗法。局部可采取冷冻治疗，激光治疗等，亦可外涂药物，比如鬼臼毒素酊等。
人乳头瘤病毒的治疗方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
1、物理治疗：有电灼，利普刀切除术、冷冻治疗、微波治疗等。
2、药物治疗：常用的药物为咪喹莫特乳膏治疗，适用于局部肿瘤的消除和局部病灶的清除。此外还可以使用免疫抑制剂，通过白介素类药物，增强病人的自身免疫功能，排除阳性体征。
一般“人乳头瘤病毒什么药治最好”的说法不合理，患者可以在医生的指导下使用药物进行治疗。
人乳头瘤病毒可以通过外用药来进行局部用药，例如五氟尿嘧啶软膏，以及口服干扰素等全身免疫调节剂。人类表皮细胞是HPV感染的唯一的寄生因子，它可以透过受损的皮肤侵入到表皮，并在表皮上繁殖，造成表皮上皮细胞增生，从而造成疣样病变。同时也可以进行激光、冷冻等局部外科治疗，或者是外敷药物。
干扰素、胸腺五肽、转移因子等都是目前治疗人乳头瘤病毒的主要药物。
人乳头瘤病毒可以引起细胞免疫，使其产生更多的细胞因子，从而将人体中的HPV清除。人乳头瘤病毒能感染皮肤，导致多种疣样皮肤病。人乳头瘤病毒的主要宿主是人类表皮细胞，可以透过皮肤的损伤，进入表皮，在表皮细胞中繁殖。
人乳头瘤病毒的治愈方式主要有物理治疗以及药物治疗等。
人乳头瘤病毒的物理治疗方法可迅速清除肉眼可见瘤体及临床感染。这些物理方法主要有冷冻，激光，手术切除，电灼等。药物治疗以减轻疾病症状为主，常用的药物有氟尿嘧啶软膏，行局部药物治疗。也可采用免疫疗法，该疗法以辅助疗法为主，能降低复发概率，可采用卡介苗等。
人乳头瘤病毒需要严格按照医嘱进行治疗。治疗分为常规治疗、药物治疗等。
综合治疗上保持饮食清淡，注意休息。目的在于提高病人的身体素质，增强机体的抵抗力，从而尽可能的清除病毒。或者采取药物治疗，常用的药物有干扰素软膏、依托泊苷软膏等。这种药物能抑制病毒的增殖，清除病毒。用药期间需要暂时避免同房，并定期复查。