病毒疣治疗以消除皮损抗病毒或者是提高免疫力为主。物理治疗有CO2激光、液氮冷冻、电灼、微波等，但很难完全消除皮下病毒，复发率较高，费用相对也高。内外用于或者是中药汤药治疗，效果也不明确，作为辅助手段的治疗方法还是可以的。
病毒疣主要有药物治疗、冷冻治疗、微波治疗等。
1.药物治疗：咪奎莫特软膏、氟尿嘧啶软膏、水杨酸等都能治疗病毒疣。
2.冷冻疗法：用液态氮使疣体坏死脱落，治疗后会出现水疱，皮肤变色，一般在几天内就会消失。
3.微波疗法：使组织内分子快速运动、变化，产生摩擦，使机体组织在较小范围内产生高温，造成坏死，彻底清除病毒组织，减少复发。
建议患者在医生的指导下严格按照医生的嘱咐用药，不能盲目用药。
病毒疣应该做这样的检查才能诊断，检查有醋酸白实验、细胞学检查、组织病理检查、免疫学试验、核酸杂交试验、聚合酶链反应。治疗期间禁止性生活。尤其是疣体未完全消退时禁止性交，以防加重病情、扩散或传染给他(她)人。
考虑脚上的病毒疣包括寻常疣和跖疣，主要是由病毒感染引起的，可外用涂抹抗HPV病毒的药物彻底杀灭病毒，避免抓挠防止感染，如果症状无好转的话建议到当地正规医学采用冷冻，微波，激光等方法治疗效果都很好。病毒疣治疗是综合性的治疗，根据病人的不同情况，治疗方法也不同，每个人治疗反应也不同，所以治疗病毒疣，一定要去正规的医疗机构治疗。
病毒疣这个一般会感染人类的皮肤和表层黏膜。有高度的特异性，生长在生殖器官附近皮肤和黏膜上的人类寻常疣、尖锐湿疣以及生长在黏膜上的乳头状瘤。病毒疣一般只能对症治疗，激光冷冻治疗即可，主要是要提高免疫力，因为这个是病毒感染，只有靠免疫力将病毒打败才是最根本的方法。