治疗病毒疣，首先应根据病毒疣生长在哪里，疣体有多大，有多大等情况，制订治疗方案。
通常可外用氟尿嘧啶软膏治疗、咪喹莫特膏、干扰素软膏，酞丁胺擦剂治疗，如有需要，也可将疣体刮除，再用碘伏、医用酒精消毒，能够有效的改善病症，在治疗期间要注意多休息，有助于病情恢复。
其实病毒疣是无法根治的。
病毒疣的种类很多，除了需要用镊子夹住传染性软疣之外，其他的病毒疣都可以通过冷冻、激光、微波、电离子治疗仪进行治疗，如果一次不够，还可以多次治疗。激光去除丝状疣和扁平疣的效果最好。
病毒疣可以通过口服和外用中药熏洗浸泡来治疗。皮肤表面疣具有传染性，主要是通过自身接种或者共用毛巾、浴巾等方式传播。尖锐湿疣主要是通过性传播的。
病毒疣一般指疣，一般是通过外用药物和物理疗法来进行治疗。
外用药一般是针对大面积的皮疹或者是难以进行物理治疗的，具体的用药和方法也会有所不同。维A酸软膏主要用于治疗扁平疣，对顽固性跖疣，平阳霉素、5-氟尿嘧啶注射液均能引起疣体萎缩、脱落。对于皮疹数量较小的患者，一般采用冷冻、电灼、刮除、激光等物理治疗。
病毒疣的治疗首先要看病毒疣长在什么部位、疣体的大小和多少来制定治疗方案。如果病毒疣主要长在面部、手背部疣体扁平，那就叫扁平疣，如果比较多，急性发作，可以用系统的治疗方法，用一些提高免疫力的药物，如果是长在掌跖部位，数量较少，个体较大，可以用物理的去除的方法如：冷冻治疗、激光、微波治疗。如果是长在生殖器部位的病毒疣，很容易复发，就要系统和物理治疗。
病毒疣可以治愈，但不能称为根治，因为病毒疣可能会出现复发或再感染的情况。
引起的病因有很多，主要分为直接传染和间接传染两种途径，可以通过性生活传播直接传染，也可以通过占有病菌的公共用品间接传染的，患者治疗需要采用抗病毒的药物结合物理仪器进行治疗，能够有效抑制体内病毒的繁殖。