一旦确诊为肛瘘，唯一有效的方法就是手术的，除此之外没有任何保守疗法的，可以选择微创无痛手术的。建议多注意观察目前的情况，可以使用碘伏液进行擦拭消毒。疼痛感会随着时间慢慢减少减小。恢复需要一个多月的时间。
推拿是不能治疗肛瘘的。不过做推拿对身体的好处还是有很多的，推拿是利用人体的经络、穴位、皮肤接触性来进行的治疗的方法，能疏通经络、推行气血、扶伤止痛、祛邪扶正、调和阴阳。
肛瘘有很多治疗方法。常用的是传统药物疗法，传统手术方法和微创疗法。肛瘘由内外口和瘘管组成。如果肛瘘严重，可能有多个瘘管和瘘管。如果传统疗法不能发现准内，完全消除原有感染，或瘘管未完全切除，很容易复发，这是传统手术的一大缺点，肛瘘想要彻底治疗，还需要微创手术肛瘘治疗方法比较好。
肛瘘的诊断较为简单，首先可通过患者的临床表现做出诊断，随后可进行肛周的专科检查，查看肛周是否有破溃的外口，肛门指诊时是否可触及皮下条索状管道从外口通向肛门内，如是则可诊断为肛瘘；除此之外，还可进行核磁、三维超声、腔内超声等检查辅助于诊断；目前的肛瘘手术多是微创手术，但在术后仍会有肛门部的轻微胀痛，在排除复发和感染的因素外，对于术后肛门轻微胀痛可不做特殊处理，正常换药或坐浴、及时复查即可。
应用结扎法。一般多用丝线结扎，通过结扎，利用紧力，使病变组织逐渐坏死脱落，从而达到治疗目的。保守治疗：保持大便通畅，防止腹泻或便秘，以减少粪便对肛瘘内口的刺激。