虽然手术治疗对肛乳头瘤是治疗性的，但要严格掌握其手术时机。要根据其病情不同时期的发展，采用相应的综合治疗方法，对早期的采用一些预防性的治疗，对不能手术的病人，在治疗的同时，配合中药灌肠治疗，以提高疗效。在手术当中要注意保护肛管皮肤，尽量减少对肛管皮肤的损伤，避免后遗症的发生。
肛乳头瘤治疗方法是保守治疗，勤观察，灌肠效果很好。可以温水或药物坐浴，局部热敷可以改善血液循环，促进炎症吸收。平时注意肛门卫生，便后及时清洗。吃东西要吃清淡无刺激的，多喝温水，不能喝酒。
手术治疗，可以采取微创手术，可以做肠镜手术，一般手术中需要用麻醉，因此在手术中是感觉不到疼痛的。因为在做肠镜检查时一般不需要麻醉，所以会有明显的感觉，做手术不一样，会采取麻醉，不会有疼痛感的。
如肛乳头较大，一般主张手术治疗，与肛裂一齐处理。坐浴法：热水坐浴每日1-2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收。使用药物涂以乳头上，可以治疗。平时要注意休息，多喝热水。
肛乳头瘤是要通过手术切除的方式来消除的，这样会比较彻底，要积极的治疗，以免耽误病情，增加治疗的难度。饮食要注意清淡为主，不要吃辛辣刺激的食物，对于控制病情也是有帮助的。