中医同样根据一些临床表现进行判断，如排便不尽感，肛管中有丰富的神经纤维，形成一附属感觉器官，肛乳头炎症期的炎症刺激，病人往往有排便不尽感，或伴有异物嵌入肛内的感觉和下坠感等。还有急性炎症期，还伴有里急后重感。还有的症状是肛门瘙痒、肛门肿痛。
肛乳头瘤是一种良性肿瘤，中医治疗的效果还是很不错的。很多时候会选用一些皮表的处理方法，比如激光，去除多余的增生部位。但是治标不治本，病因仍然没有解决。中医里面主要是以调理为主，增强自身的免疫力，防止细菌的侵害，常用清热利湿解毒等方法。
肛乳头瘤是中医“脱肛”的一种，也是由于多由中气不足、病后及妇女生育过多，体质虚弱，或因便秘努责所致。临床上虽有虚实之分，但以虚者为多，实证较少。其病位在大肠，与肺、脾、胃、肾等脏腑有关。对于此病，中医提出了内，中医治疗以益气固脱为法，可予补中益气药物内服，以提升阳气。
肛乳头瘤的中西医结合治疗，是目前临床上常采用的方法。西医认为手术是治疗肛乳头瘤复发方法，但手术损伤的范围较大，术后难免会引起一些并发症和后遗症。中医采用结扎方法治疗，结合使用中药，通过人体整体的调整，充分调动人体内在的因素，而达到治疗的目的。如果将二者充分的结合起来，互为应用，对疾病的治疗和预防，将起着积极的作用。
中医认为肛乳头瘤是由于肛管处感染、或者是因为外伤或刺激所致病变，也有可能是因为慢性肠道炎症的刺激、或者是因为习惯性便秘者大便在直肠内积存时间过久或是大便干燥硬结。如果有这些情况，排便过程中造成损伤而继发细菌感染等。就会造成，部分肛管直肠外胚层及皮下组织的增生可导致肛乳头瘤在数目、形态及大小存在个体差异。形成肛乳头瘤。
跟据不同病因选择针对性较强的中药进行治疗，并且搭配中药药浴法辅助。热水坐浴每日1—2次，局部热敷，改善血液循环促使炎症的吸收，对肛乳头瘤的恢复有比较好的效果。