可以使用邦纳特肛肠智能修复系统通过计算机可控程序，采用高效能数字智能分辨技术，自动识别病灶组织结构、病变范围及病变性质，实施自动化程序可控性操作模式，能快速巡查定位将锁定目标进行智能化处理。治疗过程无疼痛、快速、彻底，无需住院，不影响工作。
肛瘘分低位复杂和低位简单，或者高位复杂高位简单，最新治疗方法就是用肛瘘镜进行肛瘘的手术，在肛瘘镜的指示下可以看到管道的走向，把管道通过电的凝固把肛瘘的内壁给凝固掉，内口切除缝合。还有肛瘘栓，就是肛瘘先经过冲洗然后再填充，这样创伤小，肛门术后功能会更好，不会影响生活。
对于肛瘘的病人可以采取手术切开的方法帮助治疗，如果病人存在管道纤维化的情况，肛瘘则可以手术切除，对于高位单纯性直瘘或有内外口的低位肛瘘，可以采用挂线疗法。忌食辛辣，少烟酒，多吃水果蔬菜，保持大便畅通，每天两次温水坐浴。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
肛瘘的危害很大，一旦患有了肛瘘以后，都会特别的痛苦。而且一旦肛瘘形成，自愈的机会极少，瘘管复杂化后，带来许多麻烦与一定的危害性。当如果选择好的医院，先进的技术是可以治好不复发的。