肛门囊肿有可能导致肛瘘，这种也有可能存在两种疾病，肛瘘的治疗就是一挂线疗法，或者是手术切开来进行治疗。而且手术是一种比较小的手术，治疗起来比较简单。肛周脓肿引起的肛瘘，肛周脓肿需要抗生素消炎。肛周脓肿会导致并发肛瘘，肛瘘保守治疗效果较差，建议手术治疗。少食辛辣刺激性食物，预防大便干结。
肛周囊肿手术在正规的医院或者专科医院做得都比较好。肛周脓肿的治疗原则是：切除病变的肛隐窝，尽可能探寻内口所在。切开引流彻底清创暗腔，所有症状可随切开引流而消失。
肛周囊肿，不宜多吃红薯，红薯味甘、性平、微凉，入脾、胃、大肠经；可补脾益胃，生津止渴，通利大便，益气生津，润肺滑肠，对于防治便秘有一定的疗效，食用时需注意一次不宜食用过多，以免发生烧心、吐酸水、肚胀排气等不适；另外胃溃疡、胃酸过多时也不能食用，其他时间可以放心食用。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛。其他症状：部分出现大小便不畅、纳差、失眠。诊断依据：肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧。
表浅脓肿可选择口服光谱抗生素，对范围相对大的脓肿需联合用药。早期通过积极的手术治疗，绝大部分肛管直肠周围脓肿可获得理想的效果。高位脓肿病情复杂，存在反复发作可能。极少数因感染过重，可造成死亡。