在临床上结肠炎的治疗周期并不固定，有的结肠炎治疗一两周时间就能够临床治愈，有的结肠炎可能需要几个月，甚至几年时间才能够临床治愈。
如果属于慢性结肠炎的情况下，这种情况下是无法完全治愈的，只能用药控制症状，以及患者平时饮食上注意避免辛辣，多吃流质温凉的食物。注意腹部的保暖，可以尽量避免慢性结肠炎再次发作的情况。
由于食物不洁是引起小儿肠炎的主要因素，所以在孩子饮食方面要注意卫生。比如清洁好宝宝食用的餐具，奶瓶、奶嘴等，都要做好消毒工作。给宝宝进食时不宜吃外面购买的生冷食物，也尽量少带宝宝去外面就餐。另外，在家的饮食结构也要适当调整，多吃温性蔬菜，补充营养能量。
不拉肚子不肚子难受直肠炎好主要症状，其次是饮食要注意，急性发作或手术前后采用流食或少渣半流食，食物内容：米汤，蒸蛋，藉粉，牛奶一般不主张采用。必须禁用蔬菜水果。可将之制成菜水，菜泥，果汁，果泥，果冻等食用。少渣半流可选用含优质蛋白的鱼肉，瘦肉，蛋类制成软而少油的食物，如氽鱼丸，芙蓉粥，鸡丝龙须面及面。
可以采用中医的理气舒肠的药物进行治疗，同时注意一下饮食习惯。限制脂肪和膳食纤维：腹泻常伴有脂肪吸收不良，严重者伴有脂肪泻。因此膳食脂肪量要限制，应采用少油的食物和少油的烹调方法。避免食用含刺激性和纤维高的食物，如辛辣食物、萝卜、芹菜、生蔬菜、带刺激性的姜、蒜和粗杂粮、干豆类等。
清除直肠内异物，清除异物和注入药液用手指将异物通过腹壁捏碎并向后移送，或者借助钳子，通过肛门弄碎并取出。在实施该项操纵时，应小心认真，避免直肠受到损伤。在出现严重努责时，应事先应用镇静剂后再操纵。