如果是已经形成了肛瘘，就要立即手术，因为时间长了，容易形成多个瘘管，增加手术的复杂性和痛苦。越早手术越好，因为这与医生的技术和经验有很大关系，所以要到正规的肛肠专科医院手术治疗，这样能很快得到治疗。还不复发。
治肛周囊肿大约需要7-10天的时间。多数需要手术切开脓肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。伴有肛瘘的肛管直肠周围脓肿，要治疗必须先处理肛瘘，局部可用中药的溶液坐浴，使会阴保持清洁。同时应用抗生素控制感染。
首先做肛诊检查看一下脓肿的程度，如果脓肿很大，周围肿胀疼痛应该及时的手术彻底切开脓肿充分清理冲洗脓液引流才能很快好转的。除非很小的脓肿可以服用抗生素消炎。可以逐渐恢复正常的。
可以适用中药调理，中药副作用相对比较少，与术后炎症没有关联，中医诊断考虑为脾胃湿热引起的肛周脓肿。肛周囊肿的表现需要注意积极的使用手术进行切除为好的。尽量的注意不要最近有感染的现象出现，多吃些清淡食物。
肛周囊肿治疗主要采用手术方法。位于肛门口或者肛周皮下的囊肿，可以选择切开，并且要仔细地分离病变，避免残留。手术以后还需要抗感染治疗，在围手术期应该叮嘱病人流质饮食，避免形成干质的粪便，以免导致局部的污染。治疗是定期进行换药，注意局部卫生。