治疗原则非手术治疗：包括热水坐浴、通便、理疗，局部有急性炎症可用抗生素。该疗法只适用于反复发作的脓肿初期以及手术前准备，但不能治好。手术治疗挂线或切除。用药原则1.如肛瘘为结核性，则按抗痨常规处理。
西药结合，炎症发作时就适当的用点消炎药，一旦控制住了就用中药以补为主，增强肠道免疫功能，让肠道滋生有益菌，产生修复功能，结合吃些维生素，平时多锻炼身体，养成良好生活习惯，禁吃辛辣，刺激性食物，慢消化食物，只有这样，病情才会慢慢好转直到恢复。
直肠恶变是危害很大的疾病。如到晚期症状癌瘤表面溃烂时，大便则更加稀薄，可如水样而混有黏液和血液，可以进行外科手术治疗，辅以化疗、放疗的综合治疗，平时多注意饮食。
必须采取治疗，应以健脾补肾益气除湿为治本之法，清热解毒活血化瘀为治标之法用，辨证施治最忌长期应用大苦大寒之剂，亦可配合中药针，如麦注参麦，注射液等静滴以扶正，采用独有中药配方肠炎I号方，配合西药研粉混合保留灌肠经临床验证疗效满意。
可采用放射治疗，放射治疗在直肠癌治疗中的地位已日益受到重视，有与手术相结合的综合治疗和单纯放射治疗两种。也可采用肿瘤局部冷冻、激光和烧灼治疗或做姑息性手术进行手术治疗。
直肠恶变饮食需多加注意，肠蠕动恢复后方可进食，以易消化食物为主，不吃粗纤维太多的食物。多食豆制品、蛋、鱼类等，使大便干燥，便于清洁处理。配合针对性中药扶正抗癌治疗，提高免疫力，改善生活质量，防止进一步转移和复发。