肛瘘的症状是会排脓，脓汁粘稠，黄色、味臭；瘘管日久的排脓相对较少，或时有时无，稀淡如水；若脓量增加，则表示新瘘管生成瘘管有时会暂时封闭，不排脓液，从而出现局部肿痛，体温上升。
根据瘘管深浅、曲直，可选用挂线疗法、肛瘘切开或切除术。手术治疗，原则是将瘘管全部切开，必要时将瘘管周围瘢痕组织同时切除，使伤口自基底向上逐渐愈合。电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。
按病变程度分类：单纯性肛瘘，只有一条瘘管，内外口直通的肛瘘；复杂性肛瘘，瘘管和外口在两条或两个以上，但内口可以是一个或多个的肛瘘。按病变的深浅分类：低位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层以下的肛瘘；高位肛瘘，瘘管管道位于外括约肌深层或耻骨直肠肌以上，内口在齿线或齿线以上的肛瘘。
一般肛瘘都能治疗，肛瘘是可以采取保守方法治疗的，一般只能减轻症状或者是很少发作的状况，可以选择微创无痛手术进行治疗，患者的痛苦比较小，一般是不需要住院的，半个小时就能治疗好。
肛指检查时，硬关节或凹陷处可能会碰到肛门的牙线，或按压瘘管时会流出脓液。在大多数情况下，内孔是隐藏的或封闭的，这需要先找到瘘管或外孔，然后通过手杖摸索。有六种方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。这些方法对不同的瘘管有不同的适用范围。有时可以找到一种方法，有时需要将几种方法配合在一起。