根据引发直肠炎的病因及疾病表现采取相应的治疗措施。对症给予灌肠、外用药。可根据病情口服、肌内注射或静脉滴注抗生素。肾上腺糖皮质激素：适用于暴发型或重型，可控制炎症，抑制自体免疫过程，减轻中毒症状，有较好疗效。
直肠炎初期病人感觉直肠部不适，有时便秘、腹泻交替，便中含有粘液及血丝，大便时肛门口灼痛。病人要去正规医院检查治疗，注意补充蛋白质及维生素。饮食应选用易消化的优质蛋白质食品，因为消化吸收功能差，应采用易消化半流少渣饮食，少量多餐，以增加营养，改善症状。
直肠炎初期可以局部对直肠和肛门用生理盐水、双氧水溶液后，再涂抹消炎药，同时吃些抗菌药物。不要盲目用抗生素进行消炎杀菌，不但不起治疗作用，反而容易引起肠道菌群失调。
因为反复的炎症刺激，也会造成，直肠的恶性病变，所以一定要治好炎症，防止直肠癌的发生，可以考虑适当吃些药物，避免受凉，注意饮食。本病在发作期、缓解期不能进食豆类及豆制品，麦类及面食品，以及大蒜、韭菜、卷心菜、花生、瓜子等易产气体增多的食物，使胃肠动力受到影响。
直肠炎的主要症状就是腹泻，直肠炎的人都会拉肚子，并且持续的时间不短，一般一天都能拉上2-5次，最严重的都能上两位数，并且粪便都是软软的或者是水样，有的还会出现血液。这就代表很严重了。还有的人会腹泻和便秘都存在。
一般情况下，艾灸肛门对直肠炎的治疗，能达到辅助治疗的效果。
直肠炎多由肠道内菌群失调、有害菌滋生引起，而艾炙通常无杀菌、消炎之功效，故艾灸无法直接用于直肠炎，只能起到辅助治疗的作用。直肠炎以药物治疗为主，在平时要注意生活作息规律，尽量不吃辛辣刺激性食物，不要滥用抗生素，以免对肠道正常菌群造成损害，这样才能控制直肠炎病情。
