肛瘘的治疗主要是进行手术，保守治疗不能成功，可根据肛瘘具体情况选择挂线疗法、瘘管切开术、肛瘘切除术，从资料来看可能是瘘管切开术，具体情况可咨询手术医生，术后定期换药，去除脓性分泌物，如有必要可应用抗生素药物治疗，忌酒辛辣食物。
肛瘘必须手术治疗，根据肛瘘的复杂程度手术的方式也不同。吃消炎药、坐浴等方法对肛瘘的肿痛、流脓症状有一定的缓解作用，但不会根除。平常要注意尽量规律饮食，多吃蔬菜水果，避免吃辛辣刺激的食物，避免出现便秘的情况。
蒜头是不可以治疗肛瘘的，对肛瘘的病人来说，是不会有什么有利的作用的，只会加重病人的病情的，会导致病人出现大便干燥的症状的，病人是不可以吃一些辛辣的东西的，其中也包括大蒜，还有一些调味品。
微创无痛的肛瘘治疗方法是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样以后大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到四面的组织里面去，就不会形成感染，疼痛。肛瘘一般可以采取挂线或者是手术治疗，需要采取积极的预防，不要有思想负担，多保重粗纤维食物保持大便通畅。积极的预防，提高身体素质。
病人得了肛瘘，可以采用手术治疗，针对不同类型的肛瘘，应采取不同的手术方式来治疗，也可以用痔疮膏来治疗，病人要注意饮食清淡，少食刺激性食物，多喝水，多吃香蕉润肠通便。