治疗肛周脓肿治疗，一般是需要及时切开引流，排出脓液，并且定期进行换药处理，以观察伤口创面的愈合情况，后期可以在每次大便之后，使用消炎溶液坐浴，另外，肛周脓肿的病人需要酌情进行抗菌素治疗，可以根据病情给予口服、肌肉注射或者静脉滴注。
如果进行性增大，形成痈，则应该就医进行局部切开引流，避免反复或加重，同时避免不良的接触和刺激，防止烟酒熬夜劳累受凉，调整好心态，避免压力过大，逐渐地改善减轻。
轻微肛周脓肿可以理疗、外敷中药或用抗生素作局部注射等，但多数需要手术治疗，还可以采用温水坐浴进行治疗，平时保持肛门清洁，注意卧床休息，多喝水保持大便通畅，注意饮食，多吃润肠通便的食物。
引起肛周脓肿的病因较多，主要原因有以下几个方面：1、感染性因素：感染是引起本病的主要原因。2、医源性因素：临床上属医源性引起的肛门直肠周围脓肿也不少见。3、手术后因素：临床上亦可见到肛门直肠手术引起感染，而形成的直肠周围脓肿。4、其它：直肠内异物损伤后感染，放线菌病，直肠憩室炎感染，肛管直肠癌破溃或波及深部的感染，及身体虚弱，抵抗力低下。
任由肛瘘发展，会对括约肌造成严重损伤，甚至可能造成肛门失禁等并发症。肛瘘的多发会形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的老肛瘘有癌变的可能。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。