肛瘘是不能自己好的，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。
肛瘘可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，殃及周围脏器，最严重的是有恶变倾，影响身体，通常会出现身体虚弱，精神颓废，身体免疫力下降等症状，会出现贫血，身体消瘦。
肛瘘一般是肛周脓肿演变而来，有内口和外口，内口位置不同手术方式也不同，术后要积极抗感染，保持肛门部卫生，每天坐浴。如果不处理，肛瘘会反复发作，流脓，时有时无，脓液较少。疼痛，可以触到条索状硬块，按压轻度疼痛。肛门瘙痒。影响生活质量，可造成身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。
肛瘘的形成，往往是由前期的肛周脓肿，最后破溃形成的肛瘘，而肛周脓肿和肛瘘，肛周脓肿处于初期，急性期，一旦破溃了以后，过两三个月，它就会形成一个瘘管，形成肛瘘了，那么肛周脓肿又怎么形成的，一般都是因为抵抗力的下降，抵抗力下降以后，它就会感染，感染以后形成一个脓包，疖子破溃以后，常会有感染源，产生脓再往外流，这样就形成了一个，肛内和肛门外边，相通的一个管道，而形成了肛瘘。
高位肛瘘有患者的身体变得较为虚弱和消瘦等危害、使得患者自身机体精神较为不振，与此同时其抗病的能力在临床上也相应的会出现有所下降，患者此时可能会出现有贫血的情况，并且由于贫血症状的发作，使得患者的肛瘘疾病在临床上发病越加频繁，终形成互为因果。