导致肛瘘的主要原因是解剖学的因素。肛腺在大便的时候起润滑作用，它会分泌一些粘液性的东西，防止大便太干燥。肛腺不发达的人在大便太干燥的时候，容易感染以后形成肛瘘。还有一些体质的因素。包括人过度劳累，这时候就容易抵抗力下降，进而细菌也就容易繁殖起来。喝酒、吃火锅、麻辣食物也会刺激它的产生。
肛瘘可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，殃及周围脏器，最严重的是有恶变倾，影响身体，通常会出现身体虚弱，精神颓废，身体免疫力下降等症状，会出现贫血，身体消瘦。
肛瘘一般是肛周脓肿演变而来，有内口和外口，内口位置不同手术方式也不同，术后要积极抗感染，保持肛门部卫生，每天坐浴。如果不处理，肛瘘会反复发作，流脓，时有时无，脓液较少。疼痛，可以触到条索状硬块，按压轻度疼痛。肛门瘙痒。影响生活质量，可造成身体消瘦、精神萎靡、神经衰弱等症状。
其实引起肛瘘的原因还是比较复杂的，主要的原因可能还是人体的抵抗力下降，人体的抵抗力一旦下降以后，这地方的屏障作用就下降了，细菌就会叫乘虚而入，就经过这些缝隙，跑到肛门周围。
肛瘘是不能自己好的，不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿．因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面．促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。