用电刀和电镊即可。放射状或弧状电刀切开脓腔，并彻底打开各个分隔，同时尽量清除坏死组织，电镊进行有效止血，避免结扎线，防止脱落后残留体内形成窦道；若切开引流，治疗方法和瘘管基本相同。
轻微肛周囊肿如果程度严重，经过治疗，一般至少一个月左右的时间才能坐行自如了，但也因每个人的情况而异，年龄、身体素质、病情严重程度、有无并发症、是否合并其他疾病等这些因素会影响恢复时间。
肛周囊肿的治疗应该严格的与肛周脓肿进行区分，肛周脓肿仅需要切开引流或者把脓腔切开就可以达到根治的目的。但是肛周囊肿的治疗，它的治疗是完整切除囊肿的囊壁组织以及内容物，有任何囊壁残留都可以导致疾病的复发。
肛周囊肿的治疗主要是手术治疗。肛周囊肿是表皮样囊肿，起源于具有分化潜能的上皮细胞，囊壁覆角化上皮，该病多发于青壮年，是一种良性肿瘤，罕有恶变。发生于肛周的表皮样囊肿存在破裂、继发感染的可能，无论有无临床症状，均应手术治疗，且强调肿块切除的完整性以降低复发率。
肛周囊肿可采用药物治疗、热水坐浴、局部理疗等方法消散，但多数需要手术切开囊肿，充分引流脓液，防止其不断扩散，以减轻疼痛等症状。要注意清淡饮食，多吃易消化食物，保持大便通畅，避免久坐。
