巧克力囊肿子宫内膜异位症的一种，是外源性子宫内膜异位症的一种，这种病在西医上北称为：“不死的癌症”是一种经久反复的疾病。这种病中医保守治疗。中医保守治疗只要对症就能见效，中医保守治疗后复发率低。对于有生育要求的，建议中医保守治疗。
囊肿的大小，症状，是否有生育要求来决定治疗方案。对于巧克力囊肿小于3cm的病人，可进行期待治疗。如果体积大于3cm的巧克力囊肿，合并不孕，可采取手术治疗，剔除囊肿。术后联合药物治疗预防复发，改善不孕。
巧克力囊肿术后要打针，因为巧克力囊肿手术过程中一个很重要的步骤就是保护卵巢的功能，所以巧克力囊肿手术一般不会做的太好。所以术后巧克力囊肿复发的可能性比较大，为了巩固手术之后的效果，避免巧克力囊肿过早的复发影响受孕，通常都是需要打针的。
巧克力囊肿要手术治疗。巧克力囊肿地看看大小，如果巧克力囊肿特别大，并且症状很明显，短时间内未曾生育，必须马上手术，因为巧克力囊肿影响生育的。要是痛经不是很明显，短时间内没有生育要求，也可以用药物来治疗。巧克力囊肿最根本的治疗方法还是手术会更好一些。手术采用腹腔镜手术，效果很好。术后打针阻断内膜异位症的复发，阻断巧克力囊肿复发可以用一些药。所以，治疗巧克力囊肿的方法就是手术治疗。
巧克力囊肿属于子宫内膜卵巢异位症的一种，所以属于妇科的诊疗范畴。卵巢巧克力囊肿又称卵巢内膜异位囊肿，是子宫内膜异位到卵巢而导致的一种病症，主要与内分泌失衡有关。另外女性免疫能力低下，抵抗力很低，疏于身体锻炼，导致抗疾病的能力较弱，房事过频等，也都是导致女性卵巢巧克力囊肿的原因。