对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。手术为卵巢囊肿切除术，输卵管卵巢切除术，附件及全子宫切除。
巢囊肿一般是内分泌失调引起的，属于良性病变，生长缓慢，如果小于6个厘米，可以先观察，暂时不用手术治疗。建议平时养成良好的生活习惯，适当锻炼，增强体质，肥胖，适当减肥，过度肥胖对卵巢功能是有影响的。保持良好的心情，不要过度紧张。
生理性的卵巢囊肿，不管是右侧还是左侧肿，通常都是不用进行特殊处理，这种卵巢囊肿一般体积比较小，会在月经来潮之后自行消退，建议患者随访观察即可，可以在月经来潮之后再做个B超检查，观察卵巢囊肿是否已经消失。如果右卵巢囊肿过大，超过5厘米，建议及时进行手术治疗，根据囊肿不同的情况可选择行囊肿剔除术或卵巢切除术。
医生要根据患者的年龄、囊肿的大小、囊肿的性质等，进行综合的考虑，再来决定是否进行手术治疗。首先，发现单个的较小的囊肿，一般指发现有5厘米以下的囊肿，采取观察随访，随着定期检查，囊肿逐渐缩小直至消失，通常这种卵巢囊肿为生理性囊肿，可以不做治疗。出现炎症反应而形成囊肿，经检查也确诊为炎性囊肿，则需要给予药物抗炎及理疗治疗。如果囊肿发现比较大，一直不消失，这属于异常的情况，则需要手术切除。
如果在妊娠早期发现肿瘤，可以等到怀孕12周以后手术，以免引起流产。妊娠晚期发现的，可等到妊娠足月行剖宫产，同时切除肿瘤。诊断或者考虑为卵巢恶性肿瘤，应该尽早手术。
