卵巢囊肿有两种类型，一种是生理性的，一种是病理性的。需分情况讨论：
1.生理性：生理性的卵巢囊肿，通常不需要特殊治疗，一般来过月经之后，囊肿会自动消失。这种囊肿是因为受到激素水平波动的影响而暂时性发生，来过月经之后，自己会消失。
2.病理性：病理性的卵巢囊肿，如果没有明显的症状，直径小于五公分，可以先定期观察，暂不手术治疗。若囊肿直径超过五公分，伴有明显的症状，例如有腹痛、不规则的阴道流血、不孕的症状，患者一般需要接受手术治疗，通常预后良好。
卵巢囊肿是一种女性生殖器官的恶性肿瘤，其初期无任何征兆，大部分可在身体检查时被诊断出来。
如果是大的卵巢囊肿，会有下腹部一侧隐痛、下腹部坠胀等情况。当卵巢囊肿变大时，会对女性的排卵造成一定的干扰，从而引起月经不调、肥胖、多毛、月经量少等。如果出现了卵巢囊肿，要及时到正规的医疗机构进行手术，比如单孔腹腔镜下卵巢囊肿剥除术。
卵巢囊肿出现扭转需要及时进行外科治疗。
在手术前，不管病人的年纪，都要用肌肉注射止痛药。此外，如果出现了卵巢囊肿，应立即去医院做检查，以免内容物进入腹腔后出现的创面仍然存在，从而导致感染，因此要进行检查和处理，以免损伤到胎儿。卵巢囊肿一般要在怀孕12个星期左右进行检查，如果是生理上的卵巢囊肿，会在怀孕12个星期内逐渐变小。在妊娠期间，怀孕妇女体内的雌性荷尔蒙很可能会不平衡，以致无法保持胎儿的生长。建议口服促进孕酮合成的药物，具体情况取决于囊肿的具体情况。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。
卵巢囊肿的治疗方案，对良性、非赘生性、囊肿的直径大小在5厘米以内，又无任何症状的卵巢囊肿，不必作特殊处理，大部分可被机体吸收，自然消失。如果囊肿的大小超过5厘米，定期观察时有发展趋势，或囊肿发展快、增大明显，则应入院手术治疗。
如果是比较小的卵巢囊肿，患者吃中药有一定的效果，某些中药有抑制卵巢囊肿生长的作用，可以使卵巢囊肿缩小，可能会治愈，具体的用药方案或中药药方，建议咨询中医医师来确定。但对于超过五厘米或者恶性的卵巢囊肿患者，属于较大、较严重的情况，服用中药通常是没有效果的，部分西药的治疗一般效果也不明显，而需要及时进行手术治疗。