一般采用的传统手术切除囊肿，痛苦大、潜在风险高，费用也高，恢复缓慢，易感染，对工作、学习和生活有一定影响，放疗、化疗易损伤正气及机体正常细胞，使病人免疫功能降低，痛苦较大，费用也大。随着现代医学的进步传统手术治疗已渐渐淘汰，反而被微创治疗技术所代替。
卵巢囊肿应该去正规的三甲医院治疗，不要去一些小的门诊或者是药店，卵巢囊肿治疗方法，只有卵巢囊肿非常严重了，才考虑手术治疗，如果是因为身体内分泌失调导致的卵巢囊肿，可以中医治疗。
当地的三甲不同类型的卵巢囊肿，有不同的治疗方法：真正的卵巢肿瘤，要根据肿瘤的性质及组织分类进行特异性治疗；如果是恶性肿瘤，要应根据肿瘤分期选择不同的治疗方法，常见有手术切除等。
妇科专家认为，卵巢囊肿这种与内分泌机能失调、促黄体素分泌不足、排卵机能受到破坏有关的囊肿，单靠西医药物控制治标不治本；手术切除有50%以上的复发情况，中医治疗目前认为是比较可靠的治疗方法、无毒副作用、不易复发，但缺点是疗程长。
一般情况下，卵巢囊肿患者可以通过医学检查、手术治疗等方式进行治疗。具体情况分析如下：
如果是直径在5cm以下的卵巢囊肿，同时检查CA125、CA19-9、CEA、AFP等指标是否在正常范围内，可以在月经结束后进行妇科彩超检查。如果是一个直径超过5cm的卵巢囊肿，同时还要做妇科彩超检查。卵巢囊肿外科治疗通常是对有需要或尚未绝经的妇女，应行腹腔镜下摘除或剖腹切除。如果是绝经期后的妇女，或者是因为有恶性肿瘤的原因，需要进行手术治疗。
