根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术。
子宫内膜异位最佳怀孕方法是手术治疗。
如果出现一个六七厘米以下的卵巢囊肿，可以考虑是自然妊娠半年，如果不成功，可以进行促排卵或者手术。术前要进行AMH检查，以了解卵巢的功能，如果卵巢功能正常，可以选择手术。为了防止术后出现的卵巢功能减退和排卵异常，可以在术前进行冰冻。术后要尽快进行促排卵，或者去专业的不孕专家进行体外受精。
一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
子宫内膜异位症是由子宫内膜生长异常所致，子宫内膜通常在子宫腔内，如果生长在宫腔以外的地方并且有疼痛发生，就被称为子宫内膜异位症，子宫内膜会引起痛经，所以可以药物调理，要是严重还要手术治疗。
子宫内膜异位症可以采用热敷的方式来缓解症状，中医治疗子宫内膜异位症能有效缓解子宫内膜异位症引起的疼痛感，也可以通过激素疗法进行治疗，但是要在医生的指导下正确的用药，平时需要加强护理，并且严重者要考虑手术治疗。
子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。