巧克力囊肿的治疗，如果有生育要求，建议进行手术治疗，采用手术治疗是比较好的治疗方法，尤其对于囊肿较大的。也可以辅助保守治疗，保守治疗一般是指使用药物进行治疗，要及时医院进行治疗。
保守治疗一般是指使用药物进行治疗，这样的药物也较多。通过药物作用让病人暂时停经3～6个月，卵巢内子宫内膜也不会出血，这样卵巢内的囊肿就可能缩小。但是想让卵巢内的巧克力囊肿完全消失不太可能，停药后仍有复发的可能。对于一些患者来说，采用手术治疗是最好的治疗方法，尤其是囊肿较大的患者。
巧克力囊肿是可以治疗的，但是也会复发；在女性来月经时未流净残留物，积血淤堵，时间长久堆积就会形成的巧克力囊肿，一般都是良性病变。治疗方法可以进行手术治疗，注意手术后复查。养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，注意妇科卫生，勤换内裤，穿棉质的内裤。
可以用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，是在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否，完全，现在还不能确定。是在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
巧克力囊肿手术费用大约5千元-7千元。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，所以对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗。
