有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
根据个人体质不同，时间自然也不一样。巧克力囊肿术后一般一个月就可以恢复。恢复的时间长短，和手术后的保养也有很大关系，所以术后要多休息，在恢复期间，定期到医院复查看恢复情况。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
巧克力囊肿不会自己消失，如果通过检测，发现囊肿破裂，就需要警惕，会不会因为囊肿破裂而引起粘连，导致囊肿周围的健康组织遭受感染。采用手术治疗，保证身体安全，避免更大的感染，导致身体痛苦。
保守治疗。保守治疗通常是指使用药物进行治疗，并且有许多这样的药物。通过药物作用暂时中止3-6个月，卵巢子宫内膜不会出血，因此卵巢囊肿可能会缩小。更年期，痛经等症状可以完全消失，但卵巢巧克力囊肿不太可能完全消失，停药后仍有可能复发。
