以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿的治疗原则是：对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗并定期随访检查。若症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术，内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。不过，经保守性手术后仍有可能复发。病人应坚持随访并争取尽早怀孕，对40岁以上，年龄较大且无生育要求的妇女，可以切除全子宫以及一侧或双侧卵巢和输卵管。
随着生活水平的提高，人们在饮食上的选择更丰富多样，从日常饮食中已经可以摄取到足够的营养。并非一定要刻意养护，进食各种补品才算调理，只要保持正常作息、饮食均衡就可以了，无须过于纠结饮食的“宜”与“忌”，即使是刺激辛辣的辣椒，偶尔浅尝也并无不可。
保守治疗。保守治疗通常是指使用药物进行治疗，并且有许多这样的药物。通过药物作用暂时中止3-6个月，卵巢子宫内膜不会出血，因此卵巢囊肿可能会缩小。更年期，痛经等症状可以完全消失，但卵巢巧克力囊肿不太可能完全消失，停药后仍有可能复发。
该病主要与痰瘀有关，痰浊阻遏经脉影响冲任致使经血不调，运行不畅胞，宫失养痰浊阻滞气机升降，影响水液代谢痰瘀是产生子宫内膜异位症症状和体征的关键所以，要慎重根据自身的状况来选择治疗，治疗时需要去正规大医院。
如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
