子宫内膜异位症的治疗方案，因病情的轻重，年龄和生育情况而有所不同。如果发病时间不久，没有或仅有很轻的症状，妇科检查只发现很少的病变，可以定期到医生处复查，不必治疗。如果已婚而未育，可鼓励其受孕，经过一次足月妊娠，可能使病变缓解，甚至完全消失。如病情较重，或表现为重的痛经，或盆腔检查发现有肯定的内膜异位结节，就必须采取药物或手术治疗。
根据每个病人的具体情况进行个体化的手术治疗。经腹腔镜手术还是开腹手术取决于操作者的经验和技术，不完全取决于疾病期别。子宫内膜异位症手术治疗通常有三种方式，即保留生育功能的手术，保留卵巢功能的手术。
子宫内膜异位最佳怀孕方法是手术治疗。
如果出现一个六七厘米以下的卵巢囊肿，可以考虑是自然妊娠半年，如果不成功，可以进行促排卵或者手术。术前要进行AMH检查，以了解卵巢的功能，如果卵巢功能正常，可以选择手术。为了防止术后出现的卵巢功能减退和排卵异常，可以在术前进行冰冻。术后要尽快进行促排卵，或者去专业的不孕专家进行体外受精。
可以采用药物治疗或手术治疗，减灭和去除病灶，缓解和消除疼痛，减少和避免复发。常用的药物治疗有，口服孕激素类药物的假孕疗法和假绝经疗法。手术治疗需要根据病人的年龄和有无生育要求来确定手术方式。
一般情况下，子宫内膜异位的处理方式如下：
1、妊娠分娩是最好的治疗手段，在怀孕和哺乳期间可以起到压制作用，防止内异症，压制病灶，使病灶萎缩、吸收；
2、如果患者无痛经、短期内无生育要求、盆腔B超无包块等症状，可以进行常规的随访，一般是半年或一年一次的妇科或B超；
3、对于疼痛明显、B超包块大、有生育需求但又不能怀孕的患者，应采取外科、探查、术后用药等措施。
子宫内膜异位症是由子宫内膜生长异常所致，子宫内膜通常在子宫腔内，如果生长在宫腔以外的地方并且有疼痛发生，就被称为子宫内膜异位症，子宫内膜会引起痛经，所以可以药物调理，要是严重还要手术治疗。