对于卵巢囊肿的治疗，一般是建议在月经干净后三到七天做较好，这样是不会影响到以后正常的月经的，也不会因此造成月经异常，对于身体的恢复是较好的，这一点是不能忽视的，手术时间不当，对于身体恢复是不利的，这一点一定要慎重，术前检查工作也是需要做好的。
卵巢囊肿的治疗时间要根据囊肿的性质，临床症状有没有疼痛之类的，以及囊肿持续的时间决定。如果是育龄期的女性，初次超声发现卵巢囊肿，超声提示的是单纯囊肿，并且肿瘤标志物等都是阴性，可以观察2-3个月以后复查超声，如果肿物持续存在，需要手术治疗。
通常情况下，做卵巢囊肿检查的最佳时间是月经干净3-7天。具体情况分析如下：
卵巢囊肿是卵巢内或其表面形成的囊状结构，患者可能会出现坠胀、下腹部不适、月经异常等症状，月经干净3-7天的患者此时去做卵巢囊肿检查，由于阴道分泌物少，盆腔也不会处于充血状态，会更清晰的了解到卵巢囊肿的大小，初步判断卵巢囊肿的性质。患者可以按照医嘱使用消结安胶囊、红金消结浓缩丸、桂枝茯苓胶囊等药进行治疗。
对于卵巢囊肿的治疗，通常是需要考虑手术的，具体的治疗时间，在月经干净后三到七天做较好，这样是不会影响到以后正常的月经的，也不会因此造成月经异常，对于身体的恢复是较好的，这一点是不能忽视的，手术时间不当，对于身体恢复是不利的，这一点一定要慎重，术前检查工作也是需要做好的。
卵巢囊肿的治疗以手术疗法为主，治疗方式取决于年龄、病变的性质，还有卵巢囊肿的部位、体积大小、生长速度，还有是否需要保留生育功能，这些因素决定的。针对良性的卵巢囊肿，手术治疗。就是卵巢囊肿切除术，年轻的，尤其是绝经前的人，都采用这种方法，尽可能的保留正常的卵巢组织。另外，输卵管卵巢的切除术。年龄较大，45岁以上的或者绝经后的都采用这种方法。
卵巢囊肿手术时间一般是在选择月经过后的第3天比较好一些，并且囊肿手术后一定要注意护理，每天晚上都要清洗更换内裤。平时不要吃辛辣生冷的食物，多吃水果蔬菜，多注意休息。