卵巢囊肿的治疗方式取决于患者年龄，是否恶性，囊肿的部位、体积、大小、生长速度，是否保留生育功能等因素而定。如囊肿大于5cm，需手术治疗，包括开腹手术、腔镜手术。常用术式为卵巢囊肿切除术、卵巢囊肿剥除术。年纪较大者多采取附件切除术，年轻患者或者有生育要求的患者，多采取卵巢囊肿剥除术。
卵巢囊肿蒂扭转是一种常见的妇科急腹病，大约10%的患者会出现蒂部扭曲。一旦发现，立即进行外科治疗，以切除患者一侧的肿瘤及一侧的附件为主。瘤蒂较大，中心向一边倾斜，其蒂部在突变时可能会出现，而扭转的蒂取取自盆腔的漏斗韧带、卵巢固有韧带及输卵管。临床上常见的临床表现为：体位性变化后，会出现一种突发性的腹痛，并伴有恶心、呕吐、休克等。如果出现该情况，建议患者及时进行治疗。
卵巢囊肿多数是由妇科炎症引起的，先吃一些抗炎药物等月经干净，三天之后需要复查彩超，看是否有减小的趋势，囊肿大小不超过五厘米，如果有效果当然更好，如果观察超过五厘米，可以考虑手术治疗。
卵巢囊肿应该去正规的三甲医院治疗，不要去一些小的门诊或者是药店，卵巢囊肿治疗方法，只有卵巢囊肿非常严重了，才考虑手术治疗，如果是因为身体内分泌失调导致的卵巢囊肿，可以中医治疗。
可以采用手术治疗方法，良性卵巢囊肿的手术治疗，卵巢囊肿切除术，尤其是绝经前多采用此种术式，输卵管卵巢切除术，适用年龄较大或绝经后的，恶性卵巢囊肿的手术治疗，多采取卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除，也可考虑在腹腔内留置导管，以便术后腹腔内注射化疗药物等使用。
