尿布疹其实并不难医治，如果能在初期刚发疹时，就做好适度的清洁工作，通常可以自行痊愈，一般来说，治疗上是以阻断与保护为主，常使用氧化锌软膏涂抹隔绝外在刺激物，以避免持续接触刺激物与对磨严重而引起发炎与续发微生物感染。但若因为发炎症状严重，甚而形成溃烂，临床上还需使用弱效的类固醇与抗生素涂抹治疗。
医师特别提醒，许多家长误以为反正尿布疹就是霉菌感染，只要自己去药房买如足癣药膏等手足用药回来擦就好，其实不然，因为婴幼儿的皮肤脆弱敏感，即使是选择抗霉菌药物，也应该使用温和、低刺激性的为主，但仍不建议家长自行购买使用，最好还是由医师建议使用较好。