具有对疣体破坏性的药物都能用于尖锐湿疣的治疗。下面介绍几种常用的治疗尖锐湿疣的药物：
(1)5％5-Fu软膏 5-Fu是一种常用的抗肿瘤药物，它能抑制细胞的增殖，力量较为温和，一般需治疗2～3周。
(2)30％三氯醋酸 是一种强酸，可用来烧灼疣体，每周用药2次，要注意保护周围皮肤和粘膜。
(3)争光霉素、平阳霉素兑生理盐水，外涂患处，每周用药2～3次。
(4) 优亭 有效率高，副作用小，可以直接喷在患处，可单一用药也可联合手术治疗。
(5)鬼臼毒素溶液 效果较好，但腐蚀性强，使用时需凡士林保护，每日1次，连续3～5天即可。